1． 蛋白質的濃度：
　　中性鹽沉淀蛋白質時，溶液中蛋白質的實際濃度對分離的效果有較大的影響。通常高濃度的蛋白質用稍低的硫酸銨飽和度即可將其沉淀下來，但若蛋白質濃度過高，則易產生各種蛋白質的共沉淀作用，除雜蛋白的效果會明顯下降。對低濃度的蛋白質，要使用更大的硫酸銨飽和度，但共沉淀作用小，分離純化效果較好，但回收率會降低。通常認為比較適中的蛋白質濃度是2.5％～3.0％，相當于25 mg/mL～30mg/mL。
2． 離子強度:
      各種蛋白質的沉淀要求不同的離子強度。
3． 鹽的性質：
      zui有效的鹽是多電荷陰離子。
4． PH值：
　　一般說來，蛋白質所帶凈電荷越多，它的溶解度就越大。改變pH值可改變蛋白質的帶電性質，因而就改變了蛋白質的溶解度。遠離等電點處溶解度大，在等電點處溶解度小，因此用中性鹽沉淀蛋白質時，pH值常選在該蛋白質的等電點附近。
5． 溫度：
　　除對溫度敏感的蛋白質在低溫（4度）操作外，一般可在室溫中進行。一般溫度低蛋白質溶介度降低。但有的蛋白質（如血紅蛋白、肌紅蛋白、清蛋白）在較高的溫度（25度）比0度時溶解度低，更容易鹽析。
6． 蛋白質沉淀后宜在4℃放3小時以上或過夜，以形成較大沉淀而易于分離。鹽析時，分子量較小的蛋白質逐步沉淀下來可能就值得懷疑。具體的蛋白需要具體的摸索，當然，對肽來說，結論也是一樣的。