畜禽糞便處理的目的是將其無害化、減量化和資源化，zui大限度地滿足環境可接受性及可行性。目前畜禽糞污處理方法較多，國家還專門發布了《糞便無害化衛生標準》和《畜禽養殖業污染物排放標準》。國內外規模化畜禽養殖場糞便污水處理技術多種多樣，不勝枚舉。透過這些處理技術表象，從本質上看，規模化畜禽養殖場糞便污水處理模式不外乎有三種：還田模式、自然處理模式和工業化處理模式
 還田模式
糞便污水還田作肥料一是一種傳統的、經濟有效的處置方法，可以實現養分循環利用,達到污染物*。在畜禽家庭分散戶養時代，糞污處理均采用這種方法。這種模式適用于遠離城市，經濟比較落后，土地寬廣，有足夠農田消納糞便污水的規摸化豬場。由于擔心傳播畜禽疾病和人畜共患病，糞便污水經過生物處理之后再適度地還田利用已成為新的趨勢。德國等歐洲國家則是將糞便污水經過中溫或高溫厭氧消化后再進行還田利用，以殺滅或去除寄生蟲卵和病原菌。國內一般采用厭氧消化后再還田利用，既可避免有機物濃度過高引起作物爛根和燒苗，又能回收清潔能源——沼氣，減少溫室氣體排放，其工藝流程見圖2-1。
 

                                                                       圖2-1. 還田模式工藝流程圖
盡管還田模式具有投資省不耗能，毋需專人管理，運轉費用低營養物質資源化，污染物*等優點，但是還田模式也存在一些問題，我國是一個人多地少、居住稠密的國家，特別是在農村土地聯產承包的經營條件下，采用還田利用的模式處理規模化豬場糞便污水還受當地土地狀況的限制，特別是不經過厭氧消化直接還田已經行不通了。而經過厭氧消化的的處理工藝也存在較多問題：（1）厭氧消化池溫度，普通的厭氧消化池溫度偏低，保溫效果差，在冬季如果不加熱基本不產沼氣；（2）沼氣收集，厭氧消化池頂部一般采用浮動式頂蓋，集氣系統做的相當復雜，不便檢修。（3）沼氣的儲存，傳統沼氣儲存一般建剛性的沼氣罐，投資昂貴，很難有效推廣。
自然處理模式
這種模式采用氧化塘、人工濕地等自然處理系統,對豬場糞便污水進行處理。適用于遠離城市，經濟欠發達土地寬廣，地價低廉，氣候溫和地區的規模化養豬場，特別是有灘涂、荒地、林地或低洼地可作污水自然處理系統的養豬場。美國、澳大利亞以及東南亞一些國家的豬場糞污處理采用這種模式較多。國內南方地區（江西、福建、廣東）也大多采用這種模式，其工藝流程見圖2-2。
 
                                                                       圖2-2. 自然處理模式工藝流程圖
自然處理模式具有投資比較省，運行管理費用低，不耗能，污泥量少，不需要復雜的污泥處理系統，沒有復雜的設備，管理方便，對周圍環境影響小，無噪音主要優點。但是,自然處理模式也存在土地占用面積較大，處理效果易受季節、溫度變化的影響，容易污染地下水等缺點；尤其是厭氧消化的的處理工藝存在較多問題：（1）厭氧消化池溫度，普通的厭氧消化池溫度偏低，保溫效果差，在冬季如果不加熱基本不產沼氣；（2）沼氣收集，厭氧消化池頂部一般采用浮動式頂蓋，集氣系統做的相當復雜，不便檢修。（3）沼氣的儲存，傳統沼氣儲存一般建剛性的沼氣罐，投資昂貴，很難有效推廣。因此，自然處理模式不僅受當地土地狀況的限制，而且受當地氣候情況的限制，不可能大面積應用。
工業化處理模式
對于那此規模較大、地處大城市近郊，經濟發達，用地緊張，沒有足夠農田消納糞污或進行自然處理的養殖場，只能采用工業化處理模式來處理糞便污水。這種模式包括厭氧處理、好氧處理以及厭氧——好氧處理組合系統。經過幾十年的研究和應用，畜禽養殖糞便污水厭氧消化生產沼氣的工藝已經比較成熟，常用的工藝有*混合式厭氧反應器（CSTR），厭氧濾池（AF），厭氧序批式（ASBR），厭氧擋板反應器（ABR）、厭氧復合反應器（UBF），上流式厭氧污泥床（UASB）、膨脹顆粒污泥床反應器（EGSB）、內馴化厭氧反應器（IC）、厭氧升流式流化床反應器（UFB BIOBED）、階段多相厭氧反應器（SMPA）等。對于豬場廢水的好氧處理，主要采用活性污泥法、接觸氧化法、SBR、生物轉盤、氧化溝、膜生物法等工藝。比較常用的處理工藝流程如圖2-3

 
                                                          圖2-3. 工業化處理模式工藝流程圖

盡管厭氧生物處理能直接處理高濃度畜禽養殖廢水，并能回收能源，但是，整個投資非常高，池體的保溫比較復雜，整個集氣系統復雜，不便檢修，沼氣的儲存、凈化和綜合利用系統比較復雜，投資高；厭氧處理出水中污染物濃度仍然很高，特別是氨氮基本沒有去除，排入水體后，對環境的影響仍然很大，需要進一步后處理。
常用幾種沼氣工程工藝指標比較如表2-2所示：
表2-2厭氧處理技術的技術、經濟指標比較表

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