脈沖噴吹除塵器可采用在線清灰或離線清灰兩種方法。在線清灰是指在進行脈沖噴吹時，除塵濾袋仍然進行煙氣過濾。噴吹系統需要用采用比較高的噴吹氣流阻擋過濾煙氣，同時用瞬間的脈沖振蕩使塵層剝落進入灰斗。在線清灰除塵器內部是一個大空間靜態氣室，氣流分布比較均勻，使濾料所承受的過濾負荷變化不太大，這樣可延長濾袋使用壽命。
離線清灰系統需要把除塵器內部區分成若干個密封袋室，每個袋室的花板上出氣口獨立安裝關斷閥、氣缸和電磁閥等壓縮氣控制系統。在對每個袋室進行脈沖清灰噴吹前，需要首先控制擋板使這個袋室不再進行煙氣過濾。因此，離線清灰機構比較復雜，而且帶有關斷閥門，所以離線清灰除塵器的造價與維護量相對來說比在線精灰除塵器稍高。
