大型臭氧發生器城鎮污水處理設備的滅菌時間隨型號、臭氣產生量的不同而不同。一般來說，臭氧發生器的消毒時間是25~40分鐘。臭氧分子的揮發時間過短，不能達到消毒的目的。如超過一小時易有臭氧殘留，則需開窗通風兩小時進行分子分散。
當使用大型臭氧發生器城鎮污水處理設備時，應該注意一些問題：
1.臭氧濃度確保了消毒效果：如需保證與其它消毒滅菌劑一樣，只要達到足夠的劑量，就必然有時間才能達到消殺作用。如在空氣中細菌繁殖體中，當臭氧濃度為0.08~0.6ppm時，對大腸菌群作用平均為30min，平均殺滅率為84.60~99.9%；在空氣中臭氧濃度為0.34~0.85ppm時，對大腸菌群作用平均為10~30min，殺滅率為99.47~99.97%。再如臭氧消毒空氣時，當濃度為0.21mg/L時，作用10min后，對的殺滅率可達90.81%；當進步濃度為0.72mg/L時，作用時間仍可達99.99%。一般而言，臭氧濃度越高其滅菌效果越好。
2.環境臭氧濃度不得過高：除對人類有益外，臭氧還是一種環境污染物質，我國環境空氣質量標準（GB3095-1996）規定的臭氧濃度上限（1小時平均），一級標準為0.12mg/m³；二級標準為0.16mg/m³；三級標準為0.20mg/m³。大多數臭氧工業衛生標準的高限值都是0.1ppm（0.20mg/m³）。因此使用臭氧消毒滅菌濃度不宜過高，臭氧發生器的產量不宜高。舉例說：一般家用室內臭氧發生器的產值應該在200mg/h左右，高不能超過400mg/h。通過臭氧滅菌30~60min后，室內殘留濃度低于果農家中衛生標準要求。
